홍어는 전라도쪽에선 "잔칫집 음식상에 반드시 홍어가 올라야 한다" 는 불문율이 있을 만큼 유명한 생선이다. 청정해역인 흑산도 근해에서 잡히는 홍어를 총칭해서 흑산홍어라고 하는데, 살이 찰지면서 부드럽고 혀끝에 감길듯한 맛이 가히 최고라 흑산도산을 제일로 친다. 가을이 되면 황해에서 내려와 흑산도 근해에서 겨울을 보내는데 이때가 홍어의 산란기로서 살이 실하고 껍질도 얇아 최상품으로 꼽는 이유이다. 또한 매년 추위가 몰아치는 11월부터 이듬해 2월까지 성어기에 어장이 형성된 탓으로 어장에서 위험이 뒤따르고 연간 100톤의 적은 양 밖에 잡히지 않아 품귀현상에 값이 비싸며 구하기도 힘들다. 그래서 서울 등 대도시는 물론 서민들도 좀처럼 구경하기 힘든 희귀생선이기도 하다.

홍어는 알칼리성 식품으로서, 다른 어류보다 몸 안에 질소 화합물인 요소, 암모니아, 트리메틸아민산을 많이 가지고 있어 자극이 강한 냄새와 맛을 낸다.

대표적인 음식으로는 홍어회, 홍어찜(홍어어시욱), 홍어삼합 등이 있다. 홍어는 일반적으로 삭혀서 회나 찜, 탕으로 먹는데 입 안에서 혀 끝에 와 닿는 화끈하고 찰진 감칠맛이 특징이다. 특히 톡쏘는 맛의 콧잔등살과 잔뼈가 잘근잘근 씹히는 날개부분, 애(간), 고소한 창자부위가 맛있다. 홍어회는 초간장이나 기름, 소금에 알맞게 썰어 홍어를 찍어 먹는데 막걸리를 곁들이면 진맛을 느낄 수 있다. 이렇게 막걸리 안주로 먹는 것을 홍탁이라 하며, 삶은 돼지고기를 얇게 썰어 배추김치와 함께 먹는 것을 삼합이라 하는데 그 맛은 말로써 형언하기 어려울 정도다. 홍어찜은 사계절 이용가능하며, 여름철에 특히 맛이 좋고 초간장을 곁들여 찍어 먹기도 한다. 미나리대신 콩나물, 대파를 홍어와 같이 쪄서 곁들여 이용하기도 한다.